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クリア後の変化点や使用可能になるアイテムについて説明します。
これ以外の変化点は小ネタを参照してください。
また、インテグラル版の場合VERY EASYではクリア後のセーブ選択が出現しません。
よってここに記載されている全ての項目はEASY以上でプレイする事が必須となります。

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名称	条件・特徴
無限バンダナ	メリル編クリア後2週目スタート時から所持 武器が弾数消費無しで使用可能になる。
ステルス迷彩	オタコン編クリア後2週目スタート時から所持 姿が透明になり敵から発見されなくなる。一部イベント中は無効
カメラ	本編中でカメラを入手してクリアするとスタート時から所持 使い方は本編で入手できるカメラと一緒
レーダーOFF	通常版のみクリアデータが入った状態で スペシャルの項目にレーダーのON/OFF設定が追加。 切り替えた後ニューゲームを選択して反映される。 OFFにした場合クリアデータをロードしても継続される。
難度EXTREME	インテグラル版のみクリアデータが入った状態で ニューゲームを選択すると最大難易度として追加。
主観移動可能モード	インテグラル版のみクリアデータが入った状態で スペシャルの項目に主観移動可能モードが追加。 主観状態のまま移動や攻撃が出来る。難易度はNORMALで固定。
デモシアター	インテグラル版のみクリアデータが入った状態で スペシャルの項目にデモシアターが追加。 本編デモをストーリーに沿って鑑賞できる。メリル編とオタコン編の2種類があり それぞれのストーリーをクリアしているデータが必要になる。
敵兵配置変化モード	インテグラル版のみ クリアデータ(通常版、インテグラル版どちらでもOK)が入った状態で ニューゲームを選択して開始すると反映されるモード。 敵兵の配置が通常より厄介な物に変化し、通常より難度が向上している。 クリアデータをロードした場合は発生しない。 L2、R2を押したままの状態で難易度を選択すると反映されない。 どの難易度でも条件さえ満たせば発生するので注意が必要。